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Comunicados de Prensa

BGI Soluciona Problema de Información en ADN usando las GPU NVIDIA Tesla

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El Instituto Genómico más Grande del Mundo Usa las GPU en su Trabajo como Pionero
de Nueva Era de Medicina Personalizada Costeable

BEIJING — GTC Asia — Diciembre, 2011— NVIDIA anunció que BGI, el instituto genómico más

grande del mundo, ha disminuido considerablemente el tiempo necesario para analizar grupos de

secuenciación de ADN de casi cuatro días a solo seis horas usando una granja de servidores basados en

la GPU NVIDIA® Tesla™.

La mejora en rendimiento se considera un paso crítico en determinar, de forma costeable, los bloques

de construcción química que conforman una molécula de ADN. Ésta es la clave para que la industria

genómica logre su meta de US$1,000 dólares por genoma – el punto en el que el genoma puede ser

usado en diagnósticos clínicos como componente clave del cuidado de un paciente.

“Nos estamos ahogando en la información del genoma que nuestras máquinas de secuenciación de gran

volumen crean todos los días,” comenta el Dr. Bingqiang Wang, jefe de cómputo de alto desempeño

en BGI. “La aceleración en GPU de nuestras aplicaciones de secuenciación de genoma le permite

a nuestros científicos procesar datos a mucho mayor velocidad y lograr adentrarse a las bacterias,

plantas y humanos mucho antes de lo que era posible. Ofrece el potencial para que los investigadores

y profesionales del cuidado de la salud puedan identificar medicinas y tratamientos personalizados

altamente efectivos y costeables.”

Los investigadores y colaboradores de BGI han desarrollado tres aplicaciones de análisis de datos de

genoma que son aceleradas con las GPU NVIDIA Tesla:

Alineador SOAP3 – Alinea lecturas cortas de la máquina secuenciadora contra las secuencias de

BGI Enfrenta Problema de Información de ADN Usando las GPU NVIDIA Tesla

genoma de referencia existentes. Con aceleración en GPU, el alineador SOAP3 puede encontrar

tres alineaciones distintas en decimas de segundos por millón de lecturas, en vez de decimas

de minutos sin aceleración de GPU. Esto significa que el ensamble y secuenciación de genomas

individuales para comparación de los previamente secuenciados y estudiados puede ser

ejecutado rápidamente para entender los estados potenciales de enfermedades y tratamientos.

BGI Enfrenta Problema de Información de ADN Usando las GPU NVIDIA Tesla

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GSNP (detección SNP) – Una versión acelerada por GPU del popular software SOAPsnp que

detecta variaciones de polimorfismo de nucleótido único (SNP, por sus siglas en inglés) en el

ADN de un genoma. Éstas variaciones SNP en el ADN pueden ser usadas para estudiar como

los individuos generan enfermedades de forma diferente y responden a bacterias, virus y

medicinas.

GAMA (herramienta de genotipo de alta resolución) – Encuentra la distribución de ocurrencias o

frecuencia de variantes particulares en los genes, como el color de los ojos o el riesgo de cáncer

en un set de genes.

“La única forma en la que la ciencia logre la meta de US$1,000 dólares es a través de tecnologías que

permitan analizar la información del genoma del ADN más fácilmente y de forma más costeable,”

comenta Sumit Gupta, gerente del negocio Tesla en NVIDIA. “El cómputo en GPU permite a los

investigadores lograr mejoras de rendimiento sobresalientes en aplicaciones científicas, que pueden

ayudar a reducir el costo y complejidad de todo tipo de investigación crítica.”

BGI hace un revolucionario trabajo en secuenciación de genoma en un amplio rango de formas de vida,

que van desde plantas y E.coli hasta un panda gigante, para desarrollar mejores medicinas, mejorar el

cuidado de la salud y desarrollar comida genéticamente mejorada. La capacidad de secuenciación de BGI

se espera que sobrepase el equivalente a más de 700,000 genomas humanos por año, una dramática

mejora sobre los esfuerzos iniciales, que tomaron 13 años para secuenciar un solo genoma.

Las GPU Tesla son aceleradoras masivamente paralelas basadas en la arquitectura de cómputo NVIDIA

CUDA®. Los desarrolladores de aplicaciones pueden acelerar las aplicaciones usando CUDA C, CUDA

C++, CUDA Fortran, o usando compiladores fáciles de usar basados en directivas.

Para más información sobre BGI, visita el sitio en red de BGI. Para saber más de las GPU Tesla, visita el

sitio en red de Tesla. Para aprender más sobre CUDA, visita el sitio en red de CUDA.

Para más noticias de NVIDIA, información de la compañía y productos, videos e imágenes, y otra

información, visita la sala de prensa de NVIDIA.

BGI Enfrenta Problema de Información de ADN Usando las GPU NVIDIA Tesla

 


Productor / Conductor de TV - Especialista en Nuevas Tecnologías Socio y Director de Contenido de los Blogs especializados de ONE Digital Services: RevistaGadgets.com , PCFormat.com.mx , AppsUser.net , MonchiTime.com , dragstermx.com, Rock-Stock.mx, ZOOMDigitalTV.com, JokingSquad.com , PabloBerruecos.com, damu.mx

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